Ahto Salumets kaitseb doktoritööd „Bioinformatics analysis of various aspects in immunology“

3. mail kell 12.15 kaitseb Ahto Salumets informaatika erialal doktoritööd „Bioinformatics analysis of various aspects in immunology“ („Immunoloogia erinevate tahkude bioinformaatiline analüüs“).

Juhendajad: 
professor Hedi Peterson, Tartu Ülikool
professor Pärt Peterson, Tartu Ülikool

Oponendid:
kaasprofessor Benjamin Fairfax, Oxfordi Ülikool (Ühendkuningriik)
abiprofessor Can Kesmir, Utrechti Ülikool (Holland)

Kokkuvõte
Bioinformaatika on interdistsiplinaarne valdkond, mis on segu nii bioloogiast, statistikast kui ka arvutiteadusest. Antud doktoritöös kasutasime bioinformaatilist analüüsi vastamaks mitmesugustele immunoloogilistele küsimustele. 

Üks töösse kaasatud artiklitest keskendus erinevate T-raku alatüüpide kirjeldamisele. T-rakud on adaptiivse immuunsüsteemi rakud, mis on olulised nii patogeenide eemaldamisel kui ka immunoloogilise mälu kujunemisel. Meil oli täpsemalt fookuses CD8+ TEMRA rakud, mida on varasemalt seostatud mitmesuguste haigustega. Oma töös kirjeldasime antud rakutüübi seoseid muuhulgas DNA metülatsiooniga, mis on raku fenotüübi kujunemiseks oluline keemiline modifikatsioon. Oma töös identifitseerisime sellised DNA positsioonid, mille metülatsiooni põhjal saime luua CD8+ TEMRA rakkude taset ennustava mudeli, mis võiks olla kasulik inimese tervisliku seisundi hindamisel.

Ka teises doktoritöösse kaasatud uuringus keskendusime T-rakkudele, kuid sel korral keskendusime DNA metülatsiooni võrdlemisele konventsionaalsete ja immuunvastust supresseerivate regulatoorsete T-rakkude vahel. Me leidsime tuhandeid positsioone DNA-s, mille puhul olid need rakutüübid erinevad metüleeritud, kuid lisaks sellele leidsime ka erinevuse Graves’i tõve riskilookuses. Kuigi me ei suutnud välja selgitada, kuidas antud regioon võiks osaleda Graves’i haiguse väljakujunemisel, siis loodame, et meie töö inspireerib teisi välja selgitama, kas antud regioonil on mõju regulatoorsete T-rakkude fenotüübile.

Kolmandas artiklis uurisime T-raku arengus olulisi tüümuse säsi epiteelrakke. Meie analüüs vihjas, et antud rakutüüp differentseerub sarnaselt keratinotsüütidega ning selle hilisemad staadiumid võiksid olla olulised tüümuses normaalse põletikulise keskkonna loomisel, mis on T-rakkude arengu jaoks oluline. 

Kahes viimases töösse kaasatud artiklis andsime oma panuse COVID-19 uurimisse. Meie analüüs näitas, et  iseäranis just raske COVID-19  kulg on seotud apoptootiliste signaaliradadega. Lisaks leidsime, et isegi asümptomaatilistel inimestel võib SARS-CoV-2 infektsioon kaasa tuua pikaajalise põletikuliste valkude taseme tõusu.